Родился 2 ноября 1919 г. в деревне Тимяшево Бугульминского уезда Самарской губернии (ныне Лениногорского).  Участник ВО войны. С апреля 1941 по май 1942 года курсант 746 зенитного артполка; с мая 1942 по июнь 1942 командир 317 зенит. артполк; с июня 1942 июня 1946 гг орудийный мастер 374, 965 зенитно-арт полков. Награжден медалью «За победу над Германией». 

Самой яркой вехой в своей трудовой биграфии Ахат Шарифуллович считал участие в бурении знаменитой скважины № 3, открывшей летом 1948 года Ромашкинское месторождение «черного золота» Татарстана. Когда из скважины ударил мощный нефтяной фонтан, мастер, обнимая поочередно членов бригады, проникновенно сказал молодому бурильщику: «Ты хорошо поработал, Ахат!».

 А через год, окончив курсы, Губайдуллин сам стал мастером, и многие последующие достижения треста «Татнефтеразведка» будут связаны с его именем. Так, он со своей бригадой первым освоит турбинное бурение, первым среди нефтеразведчиков республики освоит промывку забоя водой вместо дорогостоящего глинистого раствора. За 10 следующих лет бригада А.Ш. Губайдуллина пробурит сорок разведочных скважин, давших нефть, опережая намеченные сроки и экономя затраты. Например, в 1958 г. Губайдуллин и его товарищи дали 10700 метров проходки вместо 7 000 по плану, сэкономили полтора миллиона рублей. А за 5 лет, с 1954 г., экономия достигла 6,8 миллиона рублей.

 Эти достижения были незаурядными, и не удивительно, что Указом Президиума Верховного Совета СССР от 19 марта 1959 г. Ахату Шарифулловичу Губайдуллину наряду с другими четырьмя отличившимися татарстанскими мастерами нефтедобычи было присвоено звание Героя Социалистического Труда. В тот же знаменательный для себя год А.Ш.Губайдуллин был избран депутатом Верховного Совета РСФСР.

В 1972 году Ахату Шарифулловичу предложили занять должность начальника буровой первой в Татарии сверхглубокой скважины, он согласился, не раздумывая. Возглавив строительство скважины № 20000 глубиной 5099 м со вскрытием кристаллического фундамента на глубину 3200 м, Губайдуллин ещё раз подтвердил свое уникальное мастерство специалиста и организатора производства.

Участник Великой Отечественной войны. Среди наград – орден Отечественной войны II степени, медали «За боевые заслуги», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне», «За доблестный труд». Умер 01.02.1993 г.